Sejak awal berdiri Lembaga Advokasi dan Penelitian (LAP) Timoris terlibat dalam berbagai diskusi pada kantong-kantong pergerakan di NTT untuk mendorong terjadinya perubahan di daerah ini. Kesempatan ini juga dimanfaatkan sebaik mungkin untuk melakukan konsolidasi internal lembaga. Selanjutnya sehubungan dengan terjadinya arus pengungsian warga Timor Timur ke wilayah Timor Barat pada bulan September 1999, LAP Timoris mulai melakukan kegiatan advokasi kemanusiaan dan anti kekerasan atas berbagai peristiwa kekerasan yang menimpa masyarakat sipil di wilayah Kupang, Timor Tengah Selatan, Timor Tengah Utara dan Belu. Setelah itu untuk mensikapi rentannya pelanggaran HAM sebagai dampak dari adanya konsentrasi pasukan TNI/Polri yang ditugaskan untuk mengamankan wilayah perbatasan Timor Barat dengan negara baru Timor Lorosae, LAP Timoris mencoba mengembangkan kegiatan pelatihan dan pemantauan HAM di wilayah Timor Barat yang fokus kegiatannya pada kekerasan dan pelanggaran HAM yang dilakukan TNI/Polri.

Dalam kaitan dengan penguasaan dan pengelolaan sumber daya alam, sekarang ini LAP Timoris sedang mengembangkan program advokasi bagi masyarakat di wilayah Amarasi Kabupaten Kupang yang hak-hak atas tanahnya dicaplok oleh negara. Terkait dengan aspek ini, LAP Timoris juga sementara melakukan kegiatan pendampingan para stakeholders di Kabupaten Lembata untuk pengelolaan sumber daya alam yang berbasis masyarakat. Untuk bidang pengembangan ekonomi rakyat, LAP Timoris sedang melakukan penguatan hak-hak ekonomi masyarakat korban ketidak-adilan pasar di wilayah Amarasi Kabupaten Kupang.

Di bidang penelitian, LAP Timoris melakukan kegiatan studi budaya dan ekonomi masyarakat di wilayah Amarasi kabupaten Kupang. Dan sebagai sarana untuk mengakses dan mensosialisasikan informasi-informasi alternatif kepada publik, LAP Timoris mengadakan sebuah media kampanye mingguan yang diberi nama Tabloid SAKSI.